Академия уделяет большое внимание подготовке научно-педагогических кадров во внутривузовской аспирантуре, а также направляет молодых преподавателей и способных выпускников в аспирантуры центральных вузов Москвы, Санкт-Петербурга, Новосибирска, Челябинска, Иркутска. 

Академия также ведет подготовку аспирантов на договорной основе с оплатой обучения юридическими и физическими лицами, готовит научные кадры для Монгольского государственного сельскохозяйственного университета по договорам о сотрудничестве с этим вузом, организует для аспирантов и соискателей прием кандидатских экзаменов по иностранным языкам истории и философии науки.

Заведующая отделом аспирантуры и докторантуры Галсанова Ирина Будажаповна